LSF

使用图形界面快速开始

使用命令 chn_bsub 不带任何参数，就可以看到一个图形界面¹。 按照提示，鼠标点选对应按钮，即可提交任务。这可以满足绝大多数的需求。

以下用一些例子来进一步介绍如何使用 LSF。 更多细节请参考官方文档。 例子中一些选项是可选的、一些是必写的，会详细说明。

提交任务

使用 bsub 命令提交任务²。提交一个 VASP（CPU）任务的例子：

bsub -n 28 -J 'my-great-job' -q normal_1day -o 'output.txt' -R 'span[hosts=1]' chn_vasp.sh 640_std    

• -n 28：指定使用多少 CPU 核³，必写。每个队列中，单个节点有多少核，可以参考服务器配置。

• -J 'my-great-job' 指定任务的名字，可以不写。

• -q normal_1day 指定队列的名字，不写时使用默认队列。

• -o 'output.txt' 指定输出的文件名，可以不写。

• -R 'xxxx' 用于对执行任务的节点施加一些限制，可以不写。可以施加的限制包括：

  • span[hosts=1]：强制所有任务分配到一个节点上（即不跨节点运行），推荐在大多情况下使用。
  • select[hname!=nxt064 && hname!=nxt009]：在分配任务时排除一些节点。如果一些节点有问题，可以使用这个选项。
  • select[hname=nxt064]：只在某个节点上运行。
  • rusage[mem=32GB]：只在内存大于等于 32 GB 的节点上运行。
  • span[ptile=28]：在每个节点上分配 28 个核。 这个选项可以用来控制跨节点运行，例如要使用 8 个节点，每个节点 28 个核，写为 -n 226 -R 'span[ptile=28]'。

  多种限制可以同时使用，例如 -R 'span[hosts=1] select[hname!=nxt064 && hname!=nxt009]'。

• chn_vasp.sh 640_std 要运行的程序。

要把其它程序提交到队列里，也是类似的写法。请自行举一反三。

查看节点状态

要查看各个节点目前被占用了多少 CPU 核、还有多少空闲的 CPU 核：

bhosts

MAX 列即为节点的 CPU 核数，NJOBS 或 RUN 列即为被占用的 CPU 核数。 被标记为 ok 的节点是还有空闲核的节点，被标记为 closed 的节点是被占满了。

查看任务状态

列出任务：

# 列出正在等待和正在运行的任务：
bjobs -w
# 要列出正在等待和正在运行，以及最近一个小时内完成的任务：
bjobs -w -a
# 要列出所有用户的任务：
bjobs -u all 

要显示还没有完成的任务的详细信息，或刚刚完成的任务的详细信息：

bjobs -l 114514

要打印尚未完成的任务的输出：

# 按照任务 id
bpeek 114514
# 按任务名
bpeek -J 'my-great-job'
# 持续监视输出
bpeek -f 114514

调整和取消任务

取消一个任务：

bkill 114514

调整任务的优先级：

怕被滥用，我还是不写了，好奇的自己去看官方文档吧。